Dai porti di Napoli e Napoli Beverello partono i traghetti e gli aliscafi per Ischia, Casamicciola da cui poter proseguire verso Ponza e Ventontene, Forio e Capri. Le località del Golfo di Napoli e della Costa Amalfitana sono raggiungibili tutto l'anno, con una maggiore frequenza nei mesi estivi. I traghetti da Napoli partono all'incirca uno ogni 50 minuti per ogni le vicine isole di Ischia e Procida, ce n'è invece uno ogni ora per Capri e uno ogni due per Sorrento. Il porto di Napoli è uno dei più frequentati del sud Italia, anche per tratte di lunga percorrenza. Tra le principali compagnie che effettuano i collegamenti figurano Snav e Travelmar. Sui traghetti diretti a Napoli è generalmente consentito caricare veicoli come auto e moto.
I traghetti per Napoli partono dalle isole di Ischia, Procida, Capri, Ponza e Ventotene, e da Sorrento. Ogni giorno partono dal porto napoletano oltre 50 traghetti, per lo più provenienti diretti verso località prossime al capoluogo. In particolare, per Ischia e Procida partono giornalmente intorno ai 30 traghetti, mentre per Capri il collegamento viene effettuato circa 20 volte al giorno. La durata media del viaggio varia dai 45-50 minuti in aliscafo ai 70-80 minuti in traghetto.
Consultando la tabella seguente è possibile scegliere tratta, orari, prezzo del viaggio e compagnia marittima. Le isole di Ischia e Procida sono collegate con il porto di Napoli dai traghetti Caremar e dagli aliscafi Snav. La tratta Napoli Capri è operata da Caremar e Snav. Quest'ultima effettua anche il collegamento per proseguire da Casamicciola a Ventotene e Ponza.
I traghetti provenienti dalle isole del golfo e da Sorrento partono dai moli Beverello e Porta di Massa del porto di Napoli. Al porto di Napoli i passeggeri possono trovare diversi servizi, come biglietteria, bar, punti di prelievo Bancomat, farmacie, edicola e zone di sosta per i taxi. Collegano il porto con il centro gli autobus della linea 151 e quelli della compagnia Alibus, con fermata nei pressi del molo Beverello. È disponibile un servizio navetta gratuito tra i moli Beverello e Calata Porta di Massa. La stazione ferroviaria centrale della città è distante circa 2 km dal porto.