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La fondazione di Moby Lines risale al 1959 con il servizio di collegamento fra Palau e La Maddalena. Seguiranno nel 1966 l'operatività sulla rotta Piombino-Portoferraio e, nell'anno successivo, il debutto sulla rotta Piombino-Bastia. Nel 1982 compare sulle fiancate delle navi l'iconico logo con la balena blu ridente e vengono aperti i collegamenti Livorno-Bastia e Piombino-Palau. Negli anni '90 la compagnia rafforza la sua presenza nel trasporto di auto e passeggeri verso la Sardegna e la Corsica.
Attualmente, Sardegna, Corsica, Sicilia, Isola d'Elba ed Isole Tremiti sono le destinazioni servite dalla compagnia.
I traghetti Moby offrono 11 rotte da e per la Sardegna con partenze da Genova, Livorno, Piombino, Civitavecchia, Napoli e Palermo e arrivo nei porti di Olbia, Porto Torres, Arbatax e Cagliari. Si contano, inoltre, 4 rotte verso la Corsica e 2 rotte verso la Sicilia. La compagnia, infine, collega Piombino all'Isola d'Elba e Termoli alle Isole Tremiti. Sulle navi sono presenti cabine interne ed esterne, poltrone per la traversata, bar, caffetterie, ristoranti, pizzerie, boutique, sale giochi, cinema e solarium con piscina. La flotta Moby è composta da ferry, cruise ferry e fast cruise ferry. Risale all'inizio del 2000 l'accordo con la Warner Bros che consente alla compagnia di disegnare sulle fiancate delle sulle sue navi più grandi, come Moby Wonder, personaggi dei Looney Tunes.
Moby Lines offre 20 collegamenti andata e ritorno da e verso le maggiori isole italiane e la Corsica. Le rotte principali collegano Genova, Livorno Piombino, Civitavecchia a Sardegna, Corsica, Sicilia, Isola d'Elba e Isole Tremiti.