L'aeroporto internazionale di Pisa Galileo Galilei si trova a 1 solo km dal centro città ed è collegato alla stazione di Pisa centrale con treni e bus navetta. Sono numerose le compagnie tradizionali e low cost che operano presso lo scalo di Pisa con voli in partenza dalle principali città italiane e dalle capitali europee. Tra queste Alitalia, Vueling, British Airways ed easyJet.
Pisa Centrale è la stazione principale della città ed è uno snodo importante della regione Toscana con collegamenti con le città di Firenze, Roma, Lucca e Genova. E' servita da treni regionali, Intercity e dalle Frecce di Trenitalia, ma anche dai treni ad alta velocità di Italo. Le altre stazioni ferroviarie della città sono Pisa Aeroporto e Pisa San Rossore, la stazione più vicina a Piazza dei Miracoli.